Résumé de l’article :
Le travail porte sur des analyses phylogénétiques et phylogéographiques de 8746 génomes viraux du SARS-CoV-2 issus de prélèvements effectués dans 38 pays africains pour caractériser la dynamique de la pandémie en Afrique. Il montre que les premières introductions ont été principalement d’Europe, qui ont diminué après la restriction sur les voyages internationaux. Au fur et à mesure que la pandémie a progressé, la transmission dans de nombreux pays et la mobilité croissante ont conduit à l’émergence et à la diffusion sur le continent de nombreux variants viraux préoccupants, tels que B.1.351 (501Y.V2), B.1.525, A.23.1 et C.1.1, qui ont contribué à la deuxième vague plus sévère de la pandémie COVID-19 dans de nombreux pays. La fiabilité de la surveillance génomique comme outil de prévention de l’émergence et de la propagation de variants dangereux dépend des politiques adoptées par les programmes de santé publique des pays Africains. Comme dans la plupart des autres régions du monde, le succès de la surveillance génomique en Afrique dépend principalement du nombre des génomes séquencés et l’analyse de ces séquences génomiques pour détecter les nouveaux variants associés principalement à la pathogénicité et l’immunogénicité des souches circulantes. Malgré un nombre limité l’échantillonnage, l’Afrique a identifié de nombreux variants préoccupants (VOC) et des variants d’intérêt (VOI) qui sont transmis à travers le monde. La caractérisation détaillée des variants et de leur impact sur l’efficacité des vaccins disponibles actuellement et l’immunité induite est d’une extrême importance. Si la pandémie n’est pas maîtrisée en Afrique, on assistera à l’émergence de nouveaux variants plus pathogènes qui pourraient profondément affecter la santé des citoyens en Afrique et dans le monde.
Les chercheurs qui ont contribué à cette publication, affiliés à l’université de Sfax :
Ahmed Rebai (Coordinateur du projet), Sabeur Masmoudi, Najla Kharrat, Manel Turki, Ikhlass Ben Ayed, Feriel Bouzid (postdoc), Ibtihel Smeti (postdoc), Amal Souissi (doctorante), Fatma Abdelmoula : Centre de Biotechnologie de Sfax
Adnène Hammami, Sami Kammoun, Hela Karray-Hakim, Saba Gargouri, Lamia Fekih-Berrajah, Amel Chtourou, : Faculté de Médecine de Sfax, CHU Habib Bourguiba et CHU Hedi Chaker de Sfax.
Des chercheurs de l’Université de Monastir (Mahjoub Aouni, Maha Mastouri, Nabil Abid, Aida Elargoubi, Imed Gaaloul) et de l’Hôpital Militaire de Tunis (Faida Ajili) sont également impliqués dans la publication en tant que membres partenaires du projet.
Lien de l’article : https://science.sciencemag.org/lookup/doi/10.1126/science.abj4336
Version Pdf: Science-A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa