Sfax, le 15 September 2022. Une publication majeure de l’Afrique parait aujourd’hui dans la revue Science. Cette publication montre comment l’expansion de la surveillance génomique du virus SARS-COV-2 a permit d’indentifier et de suivre la diffusion en temps reel des variants du virus dans les pays Africains.
Cette publication implique plus de 300 auteurs Africains et des collaborateurs en dehors de l’Afrique qui ont analysé les données de plus de 100,000 genomes complets du virus, prélevés de patients en Afrique. Cette collaboration menée par le reseau de surveillance génomique des pathogènes en Afrique du Sud (CERI à l’Université Stellenbosch, KRISP à University de KwaZulu-Natal), en étroite coordination avec CDC Africa et l’OMS, a impliqué des institutions de recherche et de santé Publique de 38 pays du continent, dont le Centre de Biotechnologie de Sfax, l’Institut Pasteur de Tunis et trois Universités Tunisiennes (Sfax, Monastir et elManar).
Les résultats de l’étude montrent que les efforts de surveillance génomique du virus SARS-COV-2 en Afrique a permit d’identifier, dès leur apparition, les nouveaux variants dont les plus connus sont le Beta et le Omicron, mais revèle aussi que la majorité des variants qui ont circulé en Afrique ont été introduits d’ailleurs. La première vague d’infection en Afrique a été provoquée par les variants venant d’Europe; le variant Alpha qui est apparu en Europe fin 2020 s’est ensuite diffusé dans 43 pays africains, avec des preuves de transmissions communautaires au Ghana, Nigeria, Kenya, Gabon et Angola. Pour le Delta, il y a eu plusieurs voies d’introduction en Afrique: Inde (~72%), Europe (~8%), UK (~5%), et les USA (~2.5%). Pour Omicron, dont l’origine est l’Afrique du sud, il y a eu plus d’évènements de reintroduction que de transmission entre pays Africains: 69 de l’Europe and 102 de l’America du Nord. Pour le Omicron BA.2 c’est encore plus flagrant, où l’étude a estimé qu’il aurait eu au moins 99 évènements d’introduction ou reintroduction en Afrique dont ~65% venant de l’ Europe et ~30% de l’Asie.
Selon Professeur Ahmed Rebai, chercheur au Centre de Biotechnologie de Sfax, coordinateur du consortium ADAGE (PRFCOVID19GP2), qui fait partie de cette collaboration, et membre du comité d’expert africain d’accès aux données génomiques, “Cette publication , qui est la seconde dans Science issue de ce travail collaboratif sur la COVID-19 à l’échelle du continent, démontre la
possibilité d’établir des réseaux collaboratifs pan-Africains efficaces et productifs, dans de nombreux domaines de la science et notamment en génomique”. Pr Rebai ajoute que “la Tunisie travaille en ce moment sur un autre grand projet collaboratif africain sur le génome humain qui sera annoncé bientôt par les ministères de tutelle et qui devrait produire des publications de très haut niveau et avoir des retombées socio-économiques majeures en santé publique et particulièrement via l’implementation de la médecine personnalisée en Tunisie”.
Lien de l’article: https://www.science.org/doi/10.1126/science.abq5358.
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Pour toute information supplémentaire contacter:
Ahmed Rebai
Coordinateur du consortium ADAGE
Centre de Biotechnologie de Sfax
Tel: +216.98817294
Email: ahmed.rebai@cbs.rnrt.tn
Photo des members du consotrium ADAGE avec Mme la Ministre de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique en 2020, suite à la publication des premières sequences des génomes complets du virus faites en Tunisie .